“气象灾害预报预警与评估”协同创新中心依托高校、科研部门、业务单位与地方行业产业深度融合的原则，选择了本领域的重点高校南京信息工程大学为牵头单位，汇聚了中国科学院大气物理研究所、国家气象中心、国家气候中心、中国气象科学研究院、中国人民解放军理工大学、成都信息工程学院、中国电子科技集团公司第十四研究所等八家单位开展合作。中心设在南京信息工程大学，独立管理运行。牵头单位南京信息工程大学行业特色最明显，人才培养规模最大、质量最高，在中心起全面协调作用。中心依托国家重点学科和国家重点研究基地，充分发挥协同单位的优势，高校侧重于理论研究与人才培养，科研单位侧重于理论研究，业务部门侧重于应用研究，产业单位侧重于产品开发与产业化，形成产学研用协调机制。2013年4月，“气象灾害预报预警与评估”协同创新中心被认定为江苏省首批立项建设的协同创新中心。

根据建设目标和任务研究，组建人才团队，结构合理，规模适度，设置有6个研究平台，16个研究团队。设有团队首席科学家30名，研究骨干221名。

中心实行理事会领导下的主任负责制。中心组织机构设置理事会、中心主任、学术委员会、管理委员会以及若干学术团队。中心汇集各方资源，依托气象灾害省部共建教育部重点实验室等国家和教育部科研平台，实现人才、学科和科研资源的有效整合。中心通过部省局三方共建、江苏高校优势学科项目、综合改革试点项目以及人才强省研究基地等协议和项目，获得多方政策和经费支持。

中心承担的重大任务有 “973”、“863”、“气象行业专项”以及“国家科技支撑计划”等国家级重大项目，并在《Science》、《Nature》等国际顶尖杂志上发表研究成果。依托气象产业科技园、校企研究院以及学科型公司等孵化器，在气象传感器、气象装备及气象信息服务平台开发等方面促进科技成果转化。

中心以机制体制改革为重点任务，加强制度顶层设计，重点加强人事管理、绩效考核、利益共享、薪酬分配等方面的体制机制改革，形成良好的协调创新模式。在具体的制度安排上，中心实行以任务为牵引的“四三工程”人才引进措施；实行双挂、双聘制度，形成互学互助的联合育人新机制；创新了产学研协调发展机制，在高校建立企业研发中心；深化国际科研合作和交流机制，联合设立海外研究中心。中心建立的大气科学资料中心、超级计算机系统和模式均为各协同单位共享。